W 2000 roku na polecenie Głównego Lekarza Weterynarii skontrolowano wszystkie zarejestrowane schroniska. Oto co wykazał raport NIK po owych kontrolach: w 1999 roku w schroniskach przebywało łącznie 91 tysięcy psów i kotów. Średnio co trzeciego psa w schronisku spotykała śmierć, w tych większych schroniskach powyżej 300 zwierząt- średnio co drugiego. W 1999 roku w schroniskach uśpiono 22 tysiące psów. Prawie wszystkie zwierzęta uśpiono w schronisku w Łomży (94 proc. eutanazji), w Augustowie (78 proc.) i Białce (69 proc.). Większość schronisk nie jest w stanie rozliczyć się w ankietach rocznych ze stanu liczebnego psów, ani wytłumaczyć z brakującej liczby zwierząt. Zwierzęta narażane były na głód, pragnienie i ból. Zwierzęta w schroniskach prowadzonych przez samorządy miały lepsze warunki niż w schroniskach prowadzonych przez przedsiębiorców. W 1999 roku przeciętna stawka dzienna na utrzymanie dorosłego psa w schronisku samorządowym wynosiła ok. 6,5 zł, w tych prowadzonych przez przedsiębiorców była dwu lub trzykrotnie niższa.